Когда в деревню Раки прибывает меняющий облик демон, жаждущий человеческой плоти и известный как «йома», в город входит одинокая женщина с серебряными глазами, имея при себе лишь меч за спиной. Она — «Клеймор», существо, созданное как получеловек-полуйома специально для истребления этих монстров. После того как семья Раки погибает, Клеймор спасает ему жизнь, но впоследствии его изгоняют из родного дома. Не имея другого пристанища, Раки находит Клеймор, известную как Клэр, и решает следовать за ней в ее странствиях.
Пока пара путешествует из города в город, по пути уничтожая йома, открываются новые подробности об организации Клэр и ее товарищах-воинах. С каждым очищенным городом и каждым уничтоженным демоном они приближаются к тому самому йома, которому Клэр поклялась отомстить с тех пор, как решила стать Клеймор.
